Litwini pojawili się w Estonii już na początku XIX wieku. Byli to buntownicy przeciwko władzy carskiej, który przybyli tu po stłumieniu powstania z roku 1831. Po zamknięciu w 1832 roku Uniwersytetu Wileńskiego byli studenci tej uczelni kontynuowali swe studia na uniwersytecie w Dorpacie (Tartu). Na przełomie XIX i XX wieku uczyli się tu znani działacze kultury litewskiej: J. Biliunas, J. Kaskaitis, V. Kuzma, V. Lasas, K. Rimsa. W roku 1895 założono legalną litewską organizację studencką, którą później przemianowano na Dorpackie Towarzystwo Studentów Litewskich (działało w latach 1906-1918). W latach 1896-1901 greki i łaciny nauczał w szkołach estońskich wybitny językoznawca litewski J. Jablonskis. 10 maja 1917 roku komisarz guberni estońskiej otrzymał podpisane przez trzech Litwinów podanie o wciągnięcie do rejestru związków gubernialnych organizacji o nazwie Rewelskoje Litowskoje Obszczestwo (Rewelskiego Towarzystwa Litwinów). Podanie zostało rozpatrzone pozytywnie.
Po drugiej wojnie światowej Litwini szeroko rozproszyli się po świecie. Część emigrantów wybrała Estonię. Tu Litwini zakładali mieszane rodziny, budowali osiedla, pracowali w kopalniach i na kolei. 2 września 1988 roku w Tallinie zwołano Forum Narodów Estonii. 6 grudnia 1988 roku to dzień założenia Towarzystwa Litwinów Estońskich. 10 marca 1990 roku towarzystwo to zostało wciągnięte do rejestru Światowej Wspólnoty Litwinów i przemianowane na Wspólnotę Litwinów Estońskich (ELB). 21 kwietnia 1993 roku mieszkający w Tartu Litwini utworzyli lokalne Towarzystwo Litwinów Tartu.
Według danych oficjalnego spisu ludności z roku 1995, w Estonii mieszkało 2 329 Litwinów. Obecnie na liście członków ELB znajduje się 234 Litwinów. Status członków wspólnoty: członek rzeczywisty, członek wspierający, członek honorowy. Pierwszym członkiem honorowym został Kazimieras Truskauskas (żył w latach 1912-1995), były oficer wojska litewskiego oraz zesłaniec syberyjski. Tytuł członka honorowego nadano również pianistce Aleksandrze Juozapenaite – Eesmaa, która jest wykładowczynią w Estońskiej Akademii Muzycznej. Działalność ELB wiąże się ściśle z życiem politycznym, gospodarczym i kulturalnym Estonii. W czasie wyzwalania się spod władzy sowieckiej Litwini czynnie popierali miejscowe dążenia do niepodległości Estonii.
Estońscy Litwini utrzymują różnorodne kontakty z Litwą. Sportowcy trzykrotnie już uczestniczyli w Igrzyskach Sportowych Litwinów Świata (w 1991, 1995 i 1998 roku). Jednym z najważniejszych ośrodków pielęgnowania kultury litewskiej jest kościół św. Piotra i Pawła w Tallinie, który odwiedził papież Jan Paweł II w 1993 roku. W kościele tym 13 stycznia każdego roku celebruje się Mszę Świętą w intencji poległych o wolność Litwy. Ważną pracę duszpasterską wykonują dyplomaci w Estonii, na Łotwie i na Litwie, arcybiskupi Justo Mullor Garcia oraz Erwin Josef Ender. Najbliższym celem ELB jest założenie Litewskiego Centrum Informacji. W ciągu 20 lat zgromadzono tu wiele litewskich książek, które powinny być dostępne dla każdego Litwina mieszkającego w Estonii. Od 1980 roku w wykonanych ze skóry kronikach odnotowuje się skrupulatnie w porządku chronologicznym wszystkie organizowane przez ELB wydarzenia, zarówno kulturalne, jak i polityczne. Na podstawie tych materiałów planuje się w przyszłości wydanie książki Litwini estońscy.
