Pierwsze ślady zaludnienia terytorium Estonii pochodzą z mezolitu. W połowie III wieku p.n.e. na terytorium Estonii nastąpiło znaczące przemieszczenie ludności ze wschodnich plemion ugrofińskich. Według przybliżonych szacunków, w XIII wieku na obszarze współczesnej Estonii żyło 100 – 150 tysięcy osób. Tempo wzrostu liczby ludności w przeszłości było zmienne, niejednokrotnie liczba ta zmniejszała się wskutek wojen, klęsk żywiołowych.
Tabela. Zmiany liczby ludności Estonii na przestrzeni lat 1200-1782
| data | liczba ludności | ||
| 1200 rok | 150 000 – 200 000 | ||
| połowa XVI wieku | 250 000 – 280 000 | ||
| lata 1620-40 (wojny o Inflanty) | 70 000 – 100 000 | ||
| 1695 rok | 400 000 | ||
| 1698 rok | 330 000 | ||
| 1712 rok (Wojnie Północna) | 150 000 | ||
| 1782 rok | 490 000 |
Estonię zamieszkuje obecnie 1 332 893 osób (2005 rok), a średnia gęstość zaludnienia wynosi 29,5 osoby na kilometr kwadratowy (największa w północnej części, między Tallinem a Narwą). Ze względu na liczbę ludności Estonia jest jednym z najmniejszych państw Europy. Położenie wpływa na ludność Estonii – można powiedzieć, że Estończycy znajdują się tam, gdzie Zachód spotyka Wschód – społeczeństwo jest zróżnicowane narodowościowo. Estończycy stanowią 68,0% ludności, największą mniejszość stanowią Rosjanie, którzy napłynęli w okresie przynależności Estonii do ZSRR, stanowi ona 26,0% ludności (na początku lat 90. XX wieku wystąpiły konflikty na tle praw tej mniejszości, Rosjanie zamieszkuję głównie Tallin, Kohtla-Järve i Narwę), Ukraińcy 2,0%, Białorusini 1,0%, Finowie 1,0%, pozostali (1,6%) to głównie Tatarzy, Łotysze, Żydzi, Polacy (według niektórych Ąródeł nawet 0,2%), Niemcy i Litwini (dane z 2002 roku). Około 30 tysięcy Estończyków żyje na terenach byłego ZSRR. Używane języki to obok estońskiego angielski – znany przez dużą liczbę Estończyków, związane jest to z bardzo trudnym do nauczenia, dla cudzoziemców, językiem ojczystym, rosyjski, ukraiński, fiński i inne. Dominującym wyznaniem jest Protestantyzm (wyznaje około 75% społeczeństwa) – głównie Luteranizm, drugie miejsce pod względem liczby wyznawców zajmuje Rosyjski Kościół Prawosławny, kolejne to Estoński Kościół Prawosławny, niewielka część społeczeństwa wyznaje inne religie: Grecki Kościół Prawosławny, Baptyzm, Metodycy, Adwentyści Siódmego Dnia, Kościół Rzymsko – Katolicki, Judaizm, Zielonoświątkowcy oraz mniejsze kościoły. Poczynając od 1990 roku liczba ludności Estonii maleje. Za przyczynę takiego stanu rzeczy podaje się dwa powody: utrzymująca się emigracja oraz zbyt słaby przyrost naturalny. Główną rolę w zmianie liczby ludności odegrała ilość osób które wyjechały z Estonii na stałe i zmniejszeniu w tym samym czasie ilości ludzi przybyłych do kraju. Rolę w zmniejszeniu przyrostu odegrała wprowadzona ustawa o emigracji i ustawa o obcokrajowcach które weszły w życie od 1.01.1993 roku, które wprowadziły ograniczenia wjazdu do kraju do 0,1% liczby stałych mieszkańców na początku roku. Stosunek migracyjny w 2002 roku wyniósł -0,07%. W tym samym czasie wyraĄnie zaznaczyła się różnica pomiędzy ilością urodzeń, a ilością zgonów na niekorzyść urodzeń. W skutek wymienionych przyczyn liczba ludności zmalała z 1 565 662 w roku 1989 do 1 408 556 – 1 lipca 2003 roku. Przyrost naturalny od 1991 roku jest ujemny (-0,66% w 2004 roku). Wskaźnik urodzeń wynosi 0,79% (w 2004 roku). Wskaźnik zgonów noworodków w 2002 roku wyniósł 13,5‰. Średnio w 2002 roku jedna Estonka rodziła 1,27 dziecka. WskaĄnik zgonów wynosi 1,27% (w 2004 roku), nieznacznie zmalał w porównaniu do roku 2000. W wieku do 14 lat 16,0% populacji, od 15 do 64 lat 67,5%, 65 lat i więcej 16,5%. Ludność miejska 73% (w 1997 roku). Wsie mocno rozproszone, wiele osad samotniczych. Główne miasta poza stolicą to: Tartu, Narwa, Kohtla-Järve, Parnawa. Zjawisko analfabetyzmu praktycznie nie istnieje. Stosunek procentowy kobiet i mężczyzn wynosi 53,7% do 46,3%. Stosunek płci mężczyzn do kobiet wynosi: u niemowlaków 1,05/1, poniżej 15 lat 1,04/1, od 15 do 64 lat 0,93/1, 65 lata i powyżej 0,49/1, cała populacja 0,86/1 (dane z 2002 roku). Średnia długość życia 70,31 lat, kobiet 76,57 lat, mężczyzn 64,36 lat (w 2003 roku). W 1999 roku liczba osób z HIV/AIDS wynosiła 500, procentowo to 0,04% dorosłego społeczeństwa, a śmiertelność wyniosła mniej niż 100 (1999 rok). Według danych z 2003 roku 99,98% osób w wieku 15 lat potrafi pisać i czytać. Ostatni spis ludności w Estonii przeprowadzono w 2000 roku.
Migracje. Saldo migracji w Estonii jest ujemne – tendencja ta utrzymuje się od wielu lat. Powodem współczesnej migracji jest głównie czynnik zarobkowy, na początku lat 90., a w mniejszym stopniu obecnie są migracje spowodowane rozpadem ZSRR i związane z tym powroty do ojczyzn (także Estończyków). Najwięcej osób migruje z/do Finlandii, Niemiec, Rosji, Ukrainy, Stanów Zjednoczonych, Białorusi, Szwecji i innych.
Urbanizacja. Wskaźnik urbanizacji w końcówce XIX wieku wynosił kilkanaście procent (w 1897 roku 15,5%). Na początku okresu międzywojennego (1922 rok) 27,0%. W 1959 roku wynosił już 56,4%, na początku lat 70. 65,0%. W 1989 roku wskaźnik ten wyniósł 71,5%. W 2003 roku 67,5%.
