Estonia podzielona jest na regiony oraz gminy. Podział na regiony właściwie nie zmienił się od czasu odzyskania przez kraj niepodległości, natomiast podział na gminy przeszedł znaczne zmiany w ostatnich latach.
Estonia podzielona jest na 15 regionów (maakond). Każdy z regionów ma swój zarząd regionu (maavalitsus), na którego czele stoi starosta (maavanem). Starości są powoływani przez rząd centralny i reprezentują go na poziomie regionów.
Regiony: Harju, Hiiu, Ida-Viru, Järva, Jõgeva, Lääne, Lääne-Viru, Pärnu, Põlva, Rapla, Saare, Tartu, Valga, Viljandi, Võru.
Estonia podzielona jest również na gminy (vald), do których należą gminy miejskie (miasta, est. linn) i gminy wiejskie (vald). W 2017 roku zmieniła się liczba gmin w kraju – spadła z 213 do 79. Spośród gmin 15 to gminy miejskie a 64 wiejskie. Co ciekawe w regionie Hiiu jest tylko jedna gmina – Hiiumaa. Największą gmina jest Tallinn, a najmniejszą wyspa Ruhnu. Wybory samorządowe w Estonii odbywają się co 4 lata.
