Prehistoria i starożytność -476
Ślady życia ludzkiego w Estonii sięgają mezolitu, od neolitu zasiedlanie tych terenów było już zjawiskiem stałym. W III-II tysiącleciu p.n.e. pojawiły się plemiona ugrofińskie (pierwotnie mieszkali w zakolu Wołgi i dorzeczu Kamy), z których wyłonili się pierwsi przodkowie późniejszych Estów. Nazwa Estowie oznacza ludność Estonii (pokrewną pierwotnym plemionom litewskim i łotewskim oraz – prawdopodobnie – germańskim ze Skandynawii) powstałą z przemieszania ludów ugrofińskich z napływającymi ludami bałtyckimi. Pierwotnie przodkowie Estów zamieszkiwali także obszar Łotwy, zwłaszcza jej wybrzeża. Potomkami tej ludności byli Liwowie, którzy przetrwali jedynie w rejonie cypla kurlandzkiego. Nazwa Estowie została zaświadczona w starożytności przez Tacyta w Aestiorum gentes. Estowie byli znani w Starożytnym Rzymie jako ludność dostarczająca oraz potrafiąca wydobyć z dna morskiego bursztyn.
Średniowiecze 476-1492
Z końcem I tysiąclecia rozpoczął się wyraźny rozwój gospodarczy. W tym samym czasie rozpoczęły się zmagania o dominację na tym terytorium. Początkowo Estonię najeżdżali Wikingowie oraz Ruś Kijowska. W pierwszej połowie XI wieku (około 1030 roku) Estonia przyłączona została do Rusi Kijowskiej przez Jarosława Mądrego. Po upadku Rusi Kijowskiej podporządkowana została Nowogrodowi. Od XII wieku rozpoczął się stały napór niemiecki (zbrojne misje biskupów z terenu Łotwy, działania zakonu Kawalerów Mieczowych i Krzyżaków). W 1219 roku Waldemar II Zwycięzca podbił północną część Estonii. W latach 1236-1346 należała do Danii. W 1346 (1343?, 1347?) roku Waldemar IV Attertag sprzedał Estonię Kawalerom Mieczowym. Od XIII wieku obszar Estonii i Łotwy nosił nazwę Inflant (Liwonii). W wyniku sprzedaży Estonia przeszła pod panowanie zakonu Kawalerów Mieczowych i Krzyżaków. Po walkach w XIV wieku z arcybiskupem ryskim zakon zyskał pozycję hegemona w Inflantach. W tym samym okresie handel w Estonii zdominowała Hanza, a ziemię przejęli niemieccy baronowie. Wraz z dominującą pozycją zakonu i Hanzy wprowadzono niemieckie wzorce (system lenny, feudalizm itp.). Zakon (Kawalerowie Mieczowi zależni byli od Krzyżaków) utracił swoją silną pozycję po przegranej wojnie Krzyżaków z Polską i Litwą (Grunwald 1410 rok). Od XV wieku Inflanty znalazły się w sferze zainteresowania Państwa Moskiewskiego, Polski (wraz z Litwą), Szwecji i ponownie Danii.
Nowożytność 1492-1918
Wojna Inflancka i pierwsza wojna północna (północna wojna siedmioletnia). Inflancka wojna rozpoczęta w 1558 roku, a zakończona w 1583 roku, wojna pomiędzy państwami bałtyckimi: Polską, Szwecją, Danią oraz Moskwą o sukcesję po Zakonie Kawalerów Mieczowych. Szerzący się w XVI wieku na terenie Inflant luteranizm przyspieszył rozkład zakonu i ułatwił obcym państwom ingerencję w ich wewnętrzne sprawy.
Północna wojna siedmioletnia trwała w latach 1563-1570, zwana pierwszą wojną północną, wojną siedmioletnią, wojna Danii ze Szwecją oraz Polski ze Szwecją i Rosją. Spowodowana dążeniami rosyjskimi do zdobycia dostępu do Bałtyku i rywalizacją o Inflanty, z drugiej zaś strony rywalizacją duńsko-szwedzką o panowanie nad Bałtykiem.
Przyczyny wojny siedmioletniej. Iwan Groźny, chcąc uzyskać dostęp do morza, narzucił kawalerom mieczowym zobowiązanie neutralności na wypadek wojny moskiewsko-litewskiej. Jednak mistrz zakonu Gottard Kettler, na skutek zbrojnej interwencji Zygmunta Augusta, zawarł z Polską i Litwą przymierze w Poswolu, skierowane przeciwko Rosji (w 1557 roku).
Działania wojenne podczas wojny siedmioletniej. Poza bezpośrednimi uczestnikami wojny jej wynikiem zainteresowane były inne państwa europejskie, przede wszystkim Niderlandy, Anglia, Francja oraz cesarz niemiecki. Wstępem do wojny był konflikt o Inflanty. Król polski Zygmunt II August interweniował zbrojnie w spór między arcybiskupem ryskim a wielkim mistrzem Zakonu Kawalerów Mieczowych, co zakończyło się zawarciem przymierza polsko-inflanckiego skierowanego przeciw Rosji (traktat pozwolski, 14 IX 1557 roku).
Stało się to pretekstem dla Iwana Groźnego do zaatakowania zakonu. W styczniu 1558 roku 70-tysięczna armia rosyjska przekroczyła granice posiadłości zakonnych rozpoczynając wojnę inflancką. Początkowo wojska moskiewskie, cieszące się poparciem części ludności inflanckiej niechętnej Zakonowi, odnosiły sukcesy. W ciągu dwóch lat Rosjanie zdobyli około 20 miast, wśród nich Narwę, Dorpat i Marienburg. Dało to Moskwie łączność z Europą Zachodnią.
W 1560 roku na teren Inflant wtargnęła Dania, zagarniając posiadłości biskupa Ozylii, a w 1561 roku Szwecja, która zajęła Estonię z Rewlem (Tallinem). Polska i Litwa widząc w tym zagrożenie swojej pozycji rozciągnęły zwierzchnictwo nad Inflantami. Odpowiedzią ze strony Polski były działania o charakterze dyplomatycznym. W 1561 roku nowy mistrz zakonu Gottard Kettler i biskup Wilhelm uznali się za wasali króla polskiego, Zakon Kawalerów Mieczowych uległ sekularyzacji. Kettler już jako książę południowej części Inflant, Kurlandii i Semigalii uznał się za lennika Polski i Litwy. Pozostałe tereny zakonne miały przypaść Polsce. Cztery rywalizujące państwa szybko znalazły się w stanie wojny, tzw. wojna północna (w latach 1563-1570).
Nowe sąsiedztwo w Inflantach nasiliło rywalizację duńsko-szwedzką. Szwecja i Polska były przeciwne rosyjskiej żegludze narewskiej. Polska flota kaperska starała się niszczyć żeglugę wiozącą zaopatrzenie dla Iwana IV z zachodu Europy. W rysującym się konflikcie naturalne interesy łączyły Polskę ze Szwecją przeciw Rosji i Danii (uznającej żeglugę narewską). Faktycznie doszło do powstania sojuszu Danii z Polską i miastami Hanzy, skierowanemu przeciw Szwecji (w 1563 roku).
Rosjanie, zdobywszy na Litwie znaczną część Inflant z twierdzą Połock aż po Dźwinę (w 1563 roku), wycofali się z konfliktu inflanckiego, zawierając uprzednio dwa rozejmy: ze Szwecją (w 1561 roku) i Danią (w 1562 roku). Panujący w Rosji car Iwan IV Groźny wykazał się nieprzeciętnym talentem dyplomatycznym, zyskał równocześnie poparcie cesarza i papieża, którzy chcieli wykorzystać go do walki z Turcją. Zarówno papież, jak i cesarz dawali swą milczącą zgodę dla poczynań Iwana nad Bałtykiem.
Właściwe działania wojenne objęły Inflanty, pogranicze litewsko-rosyjskie i duńsko-szwedzkie oraz Bałtyk. W 1563 roku wojnę na lądzie i morzu rozpoczął konflikt duńsko-szwedzki (m.in. na tle rywalizacji o Skanię i Estonię). Król duński Fryderyk II chcąc doprowadzić do blokady Szwecji zamknął dla żeglugi cieśninę Sund, pomimo protestów Anglii i Niderlandów.
Układ sił zmienił się w 1568 roku, kiedy w Szwecji doszło do przewrotu, obalono zdradzającego objawy choroby umysłowej Eryka XIV, powołując na tron jego brata, a zarazem szwagra króla polskiego Zygmunta II Augusta, Jana III Wazę księcia finlandzkiego, żonatego z Katarzyną Jagiellonką. Nastąpiło zbliżenie Polski i Szwecji. Wobec jednoczesnych zatargów polsko-duńskich na morzu doszło do sojuszu polsko-szwedzkiego i duńsko-rosyjskiego. W tej w 1570 roku doszło do rozejmu polsko-rosyjskiego i pokoju szwedzko-duńskiego w Szczecinie. Traktaty pokojowe ze Szczecina zostały szybko złamane. Działania Stefan Batorego w latach 1578-1581 (Połock, Wielicz, Wielkie Łuki, Psków) i równoczesne odebranie przez Szwedów Iwanowi IV Narwy doprowadziły do wycofania się Moskwy z Inflant.
Zakończenie wojny siedmioletniej. Początkowy układ sił: Dania i Polska przeciwko Szwecji i Rosji był przypadkowy. Walki objęły Inflanty, pogranicze litewsko-rosyjskie i duńsko-szwedzkie oraz Morze Bałtyckie, ale żadna ze stron nie potrafiła odnieść rozstrzygającego zwycięstwa.
Wojnę północną zakończył traktat podpisany w 1570 roku na kongresie pokojowym w Szczecinie. Jako strony traktatu występowały Dania, Szwecja i w imieniu Hanzy Lubeka, w przygotowaniu jego postanowień jako mediatorzy brali udział dyplomaci polscy, cesarscy i francuscy. Uchwały kongresu szczecińskiego okazały się korzystne przede wszystkim dla Danii, niekorzystne zaś dla Polski. Dania i Francja, a przede wszystkim cesarz, faktyczny sojusznik Moskwy, opowiedziały się za swobodą żeglugi narewskiej. Ponadto Habsburgowie nie uznali praw zwierzchnich Polski w Inflantach, uważając, iż cały kraj, z wyjątkiem części zajętej przez Moskwę, jest lennem cesarskim. Na kongresie zatwierdzono zdobycze Rosji w Inflantach.
Wojnę Inflancką zakończył dziesięcioletni rozejm w Jamie Zapolskim (w 1582 roku), na mocy którego Rzeczpospolita otrzymała Inflanty, zwróciła natomiast Iwanowi Groźnemu zajęte ziemie wielkoruskie. Wojna Inflancka ogromne osłabiła kraj. Ostatecznie północna część Inflant trafiła w ręce Szwedów (przyłączył je Eryk XIV), Ozylia należała do Danii, część południowa przypadła Polsce z Litwą.
Po detronizacji Zygmunta III Wazy przez Szwedów w 1598 roku i ogłoszonej przez niego inkorporacji północnej Estonii do Polski, w 1600 roku wojska szwedzkie wkroczyły do Inflant i zajęły tereny po Dźwinę. Przeciwdziałania ze strony polskiej, w latach 1602-1603, doprowadziły do odzyskania Inflant bez Rewla, Parnawy i Narwy. Dalsze sukcesy militarne Polski, zwycięstwa Karola Chodkiewicza pod Białym Kamieniem (Paide) w 1604 roku i pod Kircholmem (okolice Rygi) w 1605 roku nie zostały przez Polskę wykorzystane. Odwołanie z Inflant wojsk Chodkiewicza w 1607 roku pozwoliło Szwedom na zdobycie dalszych miast i twierdz. W 1611 roku podpisano rozejm polsko-szwedzki, a obydwa państwa objęły terytoria, jakie posiadały w dniu zawarcia rozejmu. Rozejm był kilkakrotnie (w latach 1617, 1620, 1621) zrywany przez Szwedów, którzy dokonali zaboru dalszych części polskich Inflant. Kolejne działania zainicjowane przez Szwedów, w latach 1625-1629, doprowadziły do opanowania przez nich całych Inflant i wkroczenia na Litwę, do Prus Królewskich i Książęcych. Wojna zakończyła się niekorzystnym dla Polski 6-letnim rozejmem podpisanym w 1629 roku w Altmarku (Starym Targu), m.in. przy Szwecji pozostały całe Inflanty. W wyniku drugiego rozejmu podpisanego w 1635 roku w Sztumskiej Wsi, potwierdzono pozostanie Inflant przy Szwecji. Z inicjatywy pastorów luterańskich, Gustaw II Adolf założył w 1632 roku w Dorpacie (Tartu) uniwersytet. W 1645 roku Szwedzi zjednoczyli całą Estonię pod swoim panowaniem. W 1660 roku na pmocy pokoju oliwskiego Inflanty zostały ostatecznie podzielone – część północna do Dźwiny pozostała w rękach szwecji, zaś część południowa pozostała przy Polsce. W XVII wieku w Estonii ustaliła się różnorodna struktura wyznaniowa (katolicyzm, protestantyzm, prawosławie) oraz struktura społeczna zapewniająca najwięcej przywilejów ludności niemieckiej. Zaczęła budzić się świadomość narodowa Estończyków. Panowanie szwedzkie było dobrym okresem dla rozwoju ekonomicznego i kulturalnego.
Wojna północna. Wojna Północna w latach 1700-1721, zwana wielką wojną północną, wojna Danii, Rosji, Saksonii i Polski, później Prus i Hanoweru, ze Szwecją. Rozpoczęta atakiem sprzymierzonych na zajętą w XVI i XVII wieku przez Szwecję część Inflant, Estonię i Szlezwik.
Król szwedzki Karol XII (1697-1718) okazał się jednak znakomitym wodzem, szybko pokonał Danię i przerzuciwszy swe wojska do Estonii uderzył na oblegające Narwę wojska rosyjskie i zadał im klęskę (w 1700 roku). Następnie Szwedzi skierowali się przeciwko wojskom saskim atakującym Inflanty od strony Kurlandii i rozbili je nad Dźwiną.
Wojna Północna – ingerencja Karola XII w sprawy polskie. Osiągnięte sukcesy skłoniły Karola XII do podjęcia próby podporządkowania sobie Polski. Najechał Rzeczpospolitą, zajął Warszawę i po zwycięskiej bitwie pod Kliszowem (w 1702 roku) wszedł do Krakowa. W 1706 roku uderzył na Saksonię, rozbił wojska saskie i zmusił Augusta II do rezygnacji z tronu polskiego na rzecz Stanisława Leszczyńskiego.
Tymczasem w Rosji Piotr I wykorzystał fakt, iż Szwedzi zaangażowali się w wojnę z połączonymi unią personalną Polską i Saksonią, i przeprowadził gruntowną reorganizację wojska. Stworzył regularną armię, w której służba była dożywotnia, przeszkolił nowe kadry oficerskie, udoskonalił uzbrojenie, szczególną uwagę poświęcając artylerii. Stworzył silną flotę na Bałtyku, która z powodzeniem mogła walczyć z doświadczoną marynarką szwedzką.
Zreorganizowane wojska rosyjskie odniosły wiele zwycięstw nad Szwedami. Szczególne znaczenie miało zdobycie ujścia Newy, gdzie od 1703 roku Piotr I rozpoczął budowę wielkiego portu i przyszłej stolicy, Petersburga. W 1704 roku Rosjanie zdobyli Narwę i wkroczyli na tereny Polski, jednak gdy Karol XII po podboju Saksonii powrócił do Polski, armia rosyjska wycofała się w głąb własnego państwa. Również w 1704 roku w Narwie podpisano rosyjsko-polski sojusz, który przewidywał wspólną walkę ze Szwedami, aż do wymuszenia traktatu pokojowego, w którym Polska miała odzyskać Inflanty.
Wojna Północna – klęska wojsk szwedzkich pod Połtawą. Szwedzi uderzyli na Ukrainę Zadnieprzańską licząc na pomoc Kozaków, których hetman I. Mazepa przeszedł na stronę szwedzką. Pomoc Mazepy okazała się nikła, miejscowa ludność natomiast stawiała zdecydowany opór najeźdźcom. W 1709 roku wojska szwedzkie zostały rozgromione przez armię rosyjską w decydującej bitwie pod Połtawą. Szwedzi skapitulowali, a Karol XII z niewielką garstką wojska znalazł schronienie w Turcji.
Rosjanie opanowali całe wybrzeże Bałtyku od Rygi po Narwę oraz znaczną część Finlandii. W Polsce na tron powrócił August II. Wojska rosyjskie wkroczyły do Rzeszy Niemieckiej, pomagając usunąć Szwedów z Pomorza Szczecińskiego. W tym etapie wojny jako sojusznik Rosji zadeklarowały się Prusy i księstwo Hanoweru.
Zakończenie Wojny Północnej. Po śmierci Karola XII Szwecja, na mocy traktatu zawartego w Sztokholmie w 1719 roku, zrzekła się na rzecz Hanoweru Verden i terytorium Bremy. W 1720 roku odstąpiła Prusom Pomorze Szczecińskie po rzekę Pianę, wraz z wyspami Uznam i Wolin. Sukcesy wojenne Rosjan doprowadziły do zawarcia 10 września 1721 roku pokoju w Nystad (fińskie Uusikaupunki) w Finlandii. Na mocy tego układu Ingria, Karelia, Estonia i Inflanty zostały przyłączone do Rosji.
Car Piotr I Wielki zniósł reformy szwedzkie i zagwarantował przywileje niemieckiej części ludności, zagwarantowało to pełną lojalność ludności niemieckiej wobec Rosji. Jednocześnie nastąpiło znaczne pogorszenie sytuacji chłopów oraz zaostrzenie sprzeczności społecznych i narodowościowych. W 1816 roku car Aleksander I zniósł poddaństwo chłopów. Od lat 30. XIX wieku zaczęło rozwijać się nowoczesne rolnictwo, następnie przemysł. W okresie tym, Estończycy coraz silniej odczuwali odrębność narodową względem Niemców i Rosjan. Choć kultura niemiecka miała duży wpływ, kultura estońska rozwijała się niezależnie. Od drugiej połowy XIX Rosja zaostrzyła rusyfikację w Estonii (między innymi wprowadzono rosyjski jako język urzędowy). Z końcem XIX wieku pojawiły się pierwsze inicjatywy mające na celu utworzenie suwerennego państwa. Estończycy szybko zaczęli opanowywać różne działy gospodarki. Na przełomie wieków nasiliła się emigracja zarobkowa w głąb Rosji i za granicę (w latach 1910-14 wyemigrowało około 200 tysięcy osób, głównie chłopów). W 1917 roku rosyjski Rząd Tymczasowy zastosował w stosunku do Estonii ustawodawstwo demokratyczne. Po rewolucji październikowej Estonia odzyskała na krótko niepodległość – 24 II 1918 roku proklamowano niepodległość. Od lutego do listopada 1918 roku nastąpiła okupacja niemiecka – powstał Estoński Rząd Tymczasowy. W listopadzie 1918 roku wkroczyli bolszewicy. Wraz z wkroczeniem bolszewików tworzono rząd narodowy mający na celu włączenie Estonii do ZSRR. Przy pomocy Finlandii i Wielkiej Brytanii odparto agresję bolszewików. W latach 1918 – 1921 na terenie Estonii działały zbrojne ruchy oporu przeciw bolszewikom.
Czasy najnowsze 1918-
Okres międzywojenny. Ostatecznie w 1919 roku na mocy Traktatu Wersalskiego uznano Estonię za niepodległe państwo (było to uzyskane własnym wynikiem). W 1919 roku proklamowano demokratyczną Republikę Estonii. Estonia przyjęła ustrój republiki parlamentarnej. 2 lutego 1920 roku w Tartu podpisano traktat pokojowy z ZSRR (także w Tartu – w tym samym roku – traktat pokojowy został zawarty między Finlandią (Paasikivi Juho Kusti) a Rosją Radziecką ). W 1924 roku doszło do próby przewrotu komunistycznego (kierowanego przez ZSRR) w Tallinie. W okresie w wyniku radykalnej reformy rolnej, Estonia stała się państwem o silnym rolnictwie, z perspektywą rozwoju niektórych gałęzi przemysłu. W 1927 roku źródłem napięć stała się polityczna przewaga sejmu. Przeciw tej sytuacji wystąpiła grupa kierowana przez Konstantina Pätsa (jeden z bohaterów walk o niepodległość) i Johana Laidonera. Zaprowadzone przez nich w 1934 roku rządy autorytarne utrzymały się do II wojny światowej.
II wojna światowa. W 1939 roku, przed rozpoczęciem wojny, ZSRR zażądał od Francji i Wielkiej Brytanii (jako warunku podpisania antyniemieckiego układu), wprowadzenia armii czerwonej między innymi na teren Estonii. Żądania te nie zostały spełnione. Pakt Ribbentrop – Mołotow (podpisany 23 sierpnia 1939 roku) przewidywał włączenie Estonii do ZSRR. Przez 3 dni w Tallinie internowana była polska załoga i okręt ORP „Orzeł” (15-17 września 1939 roku), który dokonał brawurowej ucieczki ze strzeżonego portu i dostał się do Anglii. Po wykonaniu zadań na Bałtyku w kampanii 1939, załogi trzech polskich okrętów podwodnych „Rysia”, „Sępa” i „Żbika” zostały internowane w Szwecji. Okręty te powróciły do Gdyni dopiero po zakończeniu II wojny światowej. 20 września 1939 roku Estonia zmuszona została do podpisania paktu wojskowego, w którym akceptowała wprowadzenie jednostek armii czerwonej na własne terytorium. Od tego momentu ZSRR coraz bardziej jawnie ingerował w sprawy Estonii (ich liczba i zakres zmniejszyły się w trakcie wojny fińsko – sowieckiej. Po jej zakończeniu znów powróciły do stanu wyjściowego. Pod pretekstem nie dotrzymania warunków umowy i przychylne stanowisko wobec Helsinek, 17 czerwca 1940 roku Estonia została zaatakowana przez armię radziecką. Wraz z tym wydarzeniem NKWD przystąpiło do zorganizowania wyborów, które odbyły się 14-15 lipca 1940 roku (z wyborów wynikało, iż niemal 100% społeczeństwa popiera władze proradzieckie). Nowo wybrany „parlament”, którego wszyscy członkowie byli agentami ZSRR, jednogłośnie opowiedział się za przyłączeniem Estonii do ZSRR. Na początku sierpnia 1940 roku ZSRR anektowało Estonię. Powstała Estońska SRR. Równocześnie NKWD przystąpiło do krwawych pacyfikacji. W latach 1941-44, w okresie konfliktu niemiecko – radzieckiego, Estonię zdobyli Niemcy i włączyli do prowincji Ostland (wraz z Litwą, Łotwą i Białorusią). W czasie zaboru hitlerowskiego nastąpiła eksterminacja ludności żydowskiej. W okresie wojny działały silne grupy kolaborujące – Wabsowie. 18 wrzesnia 1944, między okupacją niemiecką a radziecką, próbowano proklamować Republikę Estońską. W 1944 roku armia radziecka ponownie wkroczyła do Estonii włączając ją jako 15 republikę ZSRR (Estońska SRR). Wraz z włączeniem z aneksją, ZSRR odbierał tereny na wschód od rzeki Narwy oraz na południowym – wschodzie kraju (około 2,5 tys. km2; Estonia do dziś nie odzyskała tych terytoriów). W obawie przed okupacją dziesiątki tysięcy Estończyków uciekło na zachód. W latach 1943-46 nastąpiła pierwsza fala deportacji w głąb ZSRR (Kazachstan i Syberia). Zesłano wówczas około 100 tysięcy Estończyków (10% społeczeństwa).
Okupacja przez ZSRR. Od połowy lat 40. XX wieku nastąpił początek silnych zmian etnicznych Estonii – początek napływu ludności rosyjskiej. W obawie przed deportacjami tysiące Estończyków uciekło do lasów i tworzyło oddziały partyzanckie, podejmując beznadziejną walkę z armią radziecką i siłami NKGB. W 1949 roku zakończył się opór partyzantów, rozpoczęto kolektywizację rolnictwa. W 1949 roku nastąpiła kolejna fala deportacji zawiązana z kolektywizacją. Ważną rolę w przedstawianiu zmian jakie zaszły podczas okupacji radzieckiej są statystyki: w 1959 roku Estonię zamieszkiwali w 94,6% Estończycy, w 1979 roku odsetek ten zmniejszył się do 64,7%; 1972 roku w Estonii wskaźnik urodzeń wynosił 1,56%. Jednym z najważniejszych czynników powodujących osadnictwo rosyjskie w Estonii, Łotwie i Litwie był wyższy wskaźnik poziomu życia niż w innych republikach. Okres komunizmu odznaczał się brutalną sowietyzacją.
Odrodzenie Republiki Estońskiej. Pomimo półwiecznej okupacji, Estończycy nie pogodzili się z utratą niepodległości. Od połowy lat 80., w następstwie pieriestrojki (reformy, przebudowy systemu komunistycznego) i głasnosti (jawność, otwartość), Estonia stała się liderem zmian statusu krajów nadbałtyckich. W okresie tym przyjęto w Estonii deklarację suwerenności – był to jeden z kroków, które zachwiały podstawy ZSRR. Dokument ten miał również niebagatelne znaczenie w złamaniu systemu komunistycznego. W sierpniu oraz wczesną jesienią 1987 roku doszło do wystąpień w Estonii (także na Litwie i Łotwie) w kolejną rocznicę paktu Ribbentrop – Mołotow i przed XIX konferencją KC KPZR. Doszło do identyfikacji opinii publicznej, miejscowego aparatu władzy oraz środowisk niezależnych w żądaniach autonomii terytorialnej i niezależności kulturalnej (także zaprzestania rosyjskiego osadnictwa). Pierwszy sukces mobilizacji społeczeństwa to uznanie języka estońskiego za urzędowy. W 1988 roku powstały partie żądające uniezależnienia się od Rosji, poparte zostały przez Radę Najwyższą ESRR, która również opowiedziała się za niepodległością. 16 listopada 1988 roku (pierwsze takie wystąpienie wśród republik związkowych) ogłoszono tzw. deklarację suwerenności. Pomimo coraz większej autonomii Estonii, w latach 1985-1991, organy władzy ZSRR silnie ingerowały w sprawy regionu i próbowały przeciwdziałać niepodległości. Okupowano obiekty publiczne, napadano na placówki graniczne, organizowano prowokacje i mordowano niewinnych ludzi. Wielu „historyków” radzieckich dokonywało swobodnych zmian w historii: mówiono o „proradzieckich” uczucia okupowanej ludności, mówiono iż armia czerwona nie mieszała się w wewnętrzne sprawy państw bałtyckich. Pomimo głasnosti nadal nie uznawano iż kraje zostały wcielone siłą. W roku 1989 partia komunistyczna Estonii podzieliła się na dwie frakcje: nacjonalistyczną i proradziecką. Pomimo wydarzeń haniebnych wydarzeń nadbałtyckich, na Kaukazie i azjatyckiej części ZSRR, Gorbaczow otrzymał w 1990 roku Pokojową Nagrodę Nobla! W wyborach w 1990 roku zwyciężyli nacjonaliści, premierem został lider Frontu Ludowego Edgar Savisaar (urząd pełnił w latach 1990-1992). W latach 1990-91 po puczu antygorbaczowskim 2 lutego 1990 roku ogłoszono deklarację niepodległości i rozpoczęto odbudowywanie niepodległości. W maju 1990 roku przywrócono nazwę Republika Estońska. W 1991 roku odbyło się referendum, dotyczące niepodległości, w którym za niepodległością głosowało 78% Estończyków. Po załamaniu systemu sowieckiego, 20 sierpnia 1991 roku, nastąpiło formalne proklamowanie odnowionej Republiki Estońskiej. W sierpniu i wrześniu 1991 roku Estonia została uznana na arenie międzynarodowej (przez państwa zachodu i przez ZSRR – we wrześniu 1991 roku). Pierwszym państwem, które uznało suwerenną Republikę Estonii była Islandia. W czerwcu 1992 roku, na mocy konstytucji, Estonia stała się republiką parlamentarną, a prezydentem został Lennart Meri. Od 1991 roku Estonia jest członkiem ONZ. W 1991 roku Estonia podpisała układ z Polską.
Reformy. W latach 1990-92 funkcję głowy państwa, jako przewodniczący Rady Najwyższej Republiki Estońskiej, pełnił Arnold Rüütel. W latach 1990-92 premierem był Edgar Savisaar (przywódca Frontu Ludowego Estonii). W 1992 roku premierem był Tiit Vähi. W latach 1992-95 roku rządy sprawowała koalicja prawicowo-niepodległościowa. W 5 października 1992 roku prezydentem został kandydat prawicy Lennart Meri. Gabinety Marta Laara (w latach 1992-94) i Andresa Taranda (w latach 1994-95) wprowadziły zdecydowane reformy wolnorynkowe. Do 1994 roku kraj opuściły wojska rosyjskie i zamknięto rosyjskie doświadczalne reaktory atomowe. Od 1995 roku Estonia utrzymuje wzrost gospodarczy na poziomie 4-10%. W 1996 roku Lennart Meri ponownie został prezydentem. W 1996 roku osiągnięto porozumienie w sprawie ziem położonych na wschód od rzeki Narwy (porozumienie nie zostało ratyfikowane). W latach 1995-99 rządził centrolewicowy blok (kierowany przez byłych działaczy komunistycznych) Estońskiej Partii Koalicyjnej i Partii Ludowej. W latach 1995-97 premierem ponownie był Vähi, a w latach 1997-99 Mart Siimann. W grudniu 1998 roku złagodzono restrykcje w sprawie mniejszości rosyjskiej w Estonii (zliberalizowano ustawę o obywatelstwie).
Integracja z Zachodem. Estonia od odzyskania niepodległości dążyła do integracji z Zachodem. Nawiązała bliską współpracę z Finlandią i innymi państwami skandynawskimi. W 1998 roku Estonia rozpoczęła oficjalne negocjacje, dotyczące przystąpienia do Unii Europejskiej, które wraz z pozostałymi kandydatami zakończyła 13 grudnia 2002 roku na szczycie w Kopenhadze. W 1999 roku rządy objęła koalicja centroprawicowa (premierem ponownie został Laar). Od 1999 roku Estonia jest członkiem WTO (Światowa Organizacja Handlu). 21 września 2001 roku parlament wybrał nowego prezydenta, został nim centrolewicowy polityk Arnold Rüütel (pierwszy przewodniczący parlamentu estońskiego po odzyskaniu niepodległości). Od 2001 do marca 2003 roku premierem był Siim Kallas. 26 marca 2003 roku 19 państw należących do NATO podpisało protokoły w sprawie przyjęcia 7 nowych państw (także Estonii). 7 kwietnia 2003 roku parlament powierzył Juhanowi Partsowi, nowemu premierowi, misję tworzenia rządu. 9 kwietnia 2003 roku Parlament Europejski w Strasburgu niemal jednomyślnie przegłosował przyjęcie 10 państw kandydackich (także Estonii) do Unii Europejskiej. Umożliwiło to szczyt państw kandydackich i Unii Europejskiej 16 i 17 kwietnia 2003 roku w Atenach, gdzie kandydaci podpisali Traktat Akcesyjny. W imieniu Estonii, krótkie przemówienie wygłosił Arnold Rüütel, Traktat podpisał także prezydent oraz minister spraw zagranicznych Kristiina Ojuland. 14 września 2003 roku odbyło się referendum w sprawie wejścia do Unii Europejskiej. 'YAH’ powiedziało 66,9% Estończyków. 29 marca 2004 roku NATO poszerzyło się o 7 nowych państw, w których gronie znalazła się Estonia. 1 maja 2004 roku nastąpiło rozszerzenie UE, wśród 10 przystępujących państw była Estonia.
Początek XXI stulecia. Prezydent Arnold Rüütel wraz z prezydentem Litwy Valdasem Adamkusem nie przyjęli zaproszeń prezydenta Rosji Władimira Putina na obchody 60 rocznicy Dnia Zwycięstwa 9 maja 2005 roku – obchodzonej w Moskwie.
Po rezygnacji Juhana Partsa ze stanowiska premiera 24 marca 2005 roku, prezydent Arnold Rüütel nominował Andrusa Ansipa. Ansip uzyskał przewagę (53 głosy „za”) w 101-osobowym parlamencie – 13 kwietnia został utworzony nowy rząd.
