Estończycy należą do narodów bałtyckich tylko w sensie politycznym, natomiast językowo najbliżej spokrewnieni są z Finami i Karelami, z którymi tworzą podgrupę fińsko-bałtycką należącą do fińsko-permskiej grupy ugrofińskiej rodziny językowej. Nie wiadomo, kiedy przodkowie Estów przybyli nad Morze Bałtyckie ze swej praojczyzny w zakolu Wołgi i dorzeczu Kamy (por. Węgrzy). Pierwotnie przodkowie Estów zamieszkiwali także obszar Łotwy, zwłaszcza jej wybrzeża. Potomkami tej ludności byli Liwowie, którzy przetrwali jedynie w rejonie cypla kurlandzkiego.
Historia Estonii związana jest z dziejami Łotwy i Skandynawii, podczas gdy przeszłość Litwy, trzeciego kraju bałtyckiego, oddala ją od Estów i Łotyszy, a zbliża do Białorusi, Ukrainy i Polski.
Plemiona Estów nie stworzyły jednej organizacji państwowej. Na ich terenach Wikingowie, później Szwedzi i Duńczycy zakładali osady handlowe. Ze wschodu próbowała podbić Estów Ruś Kijowska i na czasowo zajętym terenie książę Jarosław założył gród Juriew (1030). W XII wieku konkurencję z Duńczykami i Szwedami na obszarze Estonii podjęli kupcy niemieccy, zwłaszcza z Lubeki. Oni też rozpoczęli chrystianizację kraju. Biskup Albert i jego Zakon Kawalerów Mieczowych z Rygi prowadził wojny krzyżowe przeciwko Estom (1208-1227), ale własnymi siłami nie był w stanie ich podbić i dlatego zawarł sojusz z Waldemarem, królem Danii, który wylądował w Estonii w 1219 roku i założył tu fortecę Rewel. Wówczas Estonią nazywano tylko północną część kraju opanowaną przez Duńczyków (Harjumaa, Järvamaa i Virumaa), natomiast ziemie leżące na południu i podbite przez Zakon weszły w skład Liwonii (od Pôltsamaa do Dźwiny), która swą nazwę wzięła od nadmorskich Liwów; z czasem zostali oni zasymilowani przez Estów i Łotyszy mieszkających w głębi kraju, odpowiednio, w jego części północnej (od Valga do Pôltsamaa) i południowej (od Valga do Dźwiny). Na końcu Zakon podbił wyspy estońskie (1227). Późniejsze okręgi Tartu i Vőru stanowiły własność biskupstwa Tartu, a wyspy i okręg Lääne należał do biskupstwa Saare-Läänemaa. Okręg Järvamaa przeszedł następnie we władzę Zakonu Kawalerów Mieczowych, który został wprawdzie połączony przez papieża z Zakonem Kawalerów Mieczowych, zwanym Krzyżackim (1237), ale zawsze zachowywał dużą autonomię. Podobnie, duńscy wasale w północnej części kraju cieszyli się znaczną niezależnością od króla. Estowie utracili własną starszyznę, która uległa asymilacji lub wyginęła i pozostali wyłącznie chłopami, natomiast rycerstwo, kler i mieszczaństwo było niemieckie i dlatego niemiecki był również językiem urzędowym.
W 1346 roku Zakon odkupił od króla Danii okręgi Harjumaa i Virumaa. Terminem Liwonia zaczęto wówczas określać całość ziem estońskich i łotewskich (Estonia, Liwonia, Kurlandia). Położone na ich terenach posiadłości biskupstw miały charakter odrębnych państw; biskupi razem z Zakonem tworzyli Konfederację Liwońską. Jan Muhlhausen, biskup Lääne-Saaremaa, sprzedał swoje biskupstwo królowi Danii (1559), a ten odsprzedał je swemu bratu, który z kolei dokupił ziemie biskupstwa tallińskiego. Jednocześnie szlachta ówczesnej Estonii (ziemie: Harju, Järva i Viru), przerażona podbiciem przez cara Iwana Groźnego Narwy i Tartu (1558), wraz z Tallinem poddała się Szwecji (1561). Wojna szwedzko-rosyjska zakończyła się odzyskaniem Estonii i Narwy (1583). Szwedzka prowincja Estonia objęła ziemie: Viru, Järva, Harju i Lääne, natomiast wyspa Saaremaa pozostała przy Danii. Ostatni mistrz liwoński, Gothard Kettler, dokonał sekularyzacji Zakonu i poddał się Polsce i Litwie, przekazując im Inflanty, czyli właściwą Liwonię (1561), o którą wybuchła wojna rosyjsko-polska zakończona klęską Iwana Groźnego (1582); Liwonia,w tym jej estońska część (Tartumaa, Vôrumaa, Viljandimaa i Pärnumaa), weszła w skład Rzeczypospolitej (patrz: Łotwa, Historia).
Gdy Zygmunt III Waza, król Szwecji i Rzeczypospolitej, przyłączył do niej Estonię (1600), Szwecja, w której władzę przejął Karol Sudermański (1599), podjęła wojnę z Polską o odzyskanie Estonii i zdobycie Liwonii. W wyniku walk, toczonych ze zmiennym szczęściem, Szwedzi zajęli w końcu Parnawę (1621) i Tartu (1625), a następnie uzyskali tzw. Inflanty Szwedzkie, czyli prowincję Liwonię uszczuploną o Inflanty polskie (1629), a od Danii odkupili wyspę Saaremaa (1645). Wszystkie trzy prowincje: Estonia, Liwonia i Saaremaa, uzyskały od króla Szwecji sejmy krajowe dla szlachty – posesorów (w Liwonii również dla miast). Karol XI (1660-1697) odebrał królewszczyzny zagarnięte niegdyś przez szlachtę; w Saaremaa trzy czwarte, a w Estonii dwie piąte ziemi przejęło państwo. W jego majątkach położenie chłopów uległo poprawie. W Tallinie założono gimnazjum (1631), a w Tartu uniwersytet (1632), gdzie wykładano język estoński, a synów chłopskich dopuszczano do godności pastorów. Stworzono też sieć szkół diecezjalnych (1690-1700) i wykształcono dla nich nauczycieli. Karol XI sfinansował nawet wydanie pierwszej książki w języku estońskim (Nowy Testament). Johan Hornung ustalił wówczas ortografię estońską i oczyścił język z naleciałości niemieckich. Początek odrodzenia narodowego został całkowicie zniszczony przez wojnę północną (1700-1721).
W 1700 roku car Piotr I zaatakował Narwę, a następnie zajął Estonię (1710). Na mocy pokoju w Nystadt (1721) trzy prowincje weszły w skład Rosji. Car zagwarantował niemieckiej szlachcie autonomię i zwrócił dawnym właścicielom majątki przejęte przez państwo szwedzkie. Położenie estońskich chłopów uległo ogromnemu pogorszeniu. Baronowie niemieccy uzyskali prawo ustalenia rejestru szlachty w Estonii (1750-1760); odtąd tylko przedstawiciele zarejestrowanych rodów mieli prawo korzystania z przywilejów nadanych prowincji. W ich rękach znalazła się cała administracja, policja i sądownictwo kraju. Uchwały landtagów (sejmów krajowych) wymagały jednak zatwierdzenia przez cara, którego na miejscu reprezentowali generał gubernatorzy. Od 1775 roku gubernator Liwonii objął także Estonię, a od 1781 roku również Kurlandię. W Estonii władzę wykonawczą sprawował Komitet Baronów, wybierany w okręgach i przez sejm. Odtąd szlachta inflancka stała się jedną z najpewniejszych podpór rosyjskiego caratu.
Od końca XVIII wieku ziemie estońskie szybko rozwijały się dzięki uprawie lnu i zwłaszcza ziemniaków, które były przeznaczone dla przemysłu gorzelnianego, zaopatrującego rynek petersburski. Powiększanie folwarków odbywało się kosztem chłopów. Pod naciskiem cara Landtag Estonii uchwalił jednak ustawę „Iggaüks” (1802), która zagwarantowała chłopom prawo do własności ruchomości nabytej i wieczne użytkowanie ziemi. Pod wpływem buntu chłopskiego w Harjumaa (1805) i ówczesnych tendencji oświeceniowych zgodzono się znieść poddaństwo chłopów. Odpowiednią ustawę Landtag Estonii uchwalił dopiero po wojnach napoleońskich i pod naciskiem cara (25.05.1816). Szlachta otrzymała jednak równocześnie nieograniczone prawo własności do ziemi, z czego skorzystała usuwając chłopów z lepszych gruntów i powiększając folwarki (1825-1842). Chłopi, mimo że teoretycznie wolni, nie mogli swobodnie opuszczać wsi, więc miasta nadal pozostawały niemieckie. Ponadto utrzymywano sądownictwo senioralne. Nowe prawo miało jeszcze i ten skutek, że chłopi musieli wybrać sobie nazwiska, a ponieważ uczynili to za nich panowie, wielu Estończyków otrzymało nazwiska niemieckie i szwedzkie. W 1845 roku skodyfikowano dotychczasowe ustawodawstwo i car jeszcze raz potwierdził prawa i przywileje prowincji.
Ciężka sytuacja chłopów spowodowała masowe przechodzenie na prawosławie, zakładali oni bowiem, że zapewni to uzyskanie ziemi na własność (1848). W sumie 65 tysięcy chłopów estońskich porzuciło luteranizm, ale brak poprawy ich położenia zahamował ten ruch. Car patrzył przychylnie na konwertytów, ale nie przyznał im żadnych ulg, gdyż z obawy przed rewolucją odnowił sojusz z baronami i tutejszym Kościołem. Na tym samym podłożu powstał religijny ruch Jana Leinberga (Maltsveta), który poprowadził swych zwolenników na Krym, by tam mogli otrzymać ziemię.
Gdy po przegranej wojnie krymskiej w Rosji przystąpiono do reform, sejm estoński uchwalił nową ustawę agrarną (1856), która weszła w życie w dniu Świętego Jana w 1858 roku. Zgodnie z nią cała ziemia została jeszcze raz uznana za własność obszarnika. Działki znajdujące się w użytkowaniu chłopów właściciel mógł im wydzierżawić (także za pracę na folwarku) lub sprzedać; jednocześnie obszarnicy uzyskali prawo okrojenia działek chłopskich o jedną szóstą, ale tylko z przeznaczeniem na utrzymanie służby folwarcznej. Przewidziano 10-letni okres realizacji reformy. Utrzymano też dodatkowe posługi, co wywołało falę zaburzeń chłopskich. Odpowiedzią władz były publiczne chłosty, lecz uwłaszczenie w Rosji (1861) przyniosło także zniesienie posług. Chłopi uzyskali w końcu prawo swobodnego poruszania się (1863) i niezależność od „opieki” panów (1866), których pozbawiono prawa wymierzania kar cielesnych. Wreszcie nakazano zakończenie kontraktów dzierżawnych w zamian za odrabianie pańszczyzny (1868).
Teraz dopiero mógł nastąpić rozwój miast i zmiana ich charakteru narodowego; w 1871 roku Estończycy stanowili już 51,8% mieszkańców Tallina (w 1897 – 88,7%), w Tartu zaś w tym czasie ludność estońska wzrosła z 46,3% (1867) do 70,8% (1897). Trzy czwarte ludności miejskiej skupiło się w tych dwu ośrodkach. Zaczęło się też tworzyć estońskie mieszczaństwo. Dobra koniunktura na len i ziemniaki spowodowała rozwój przemysłu włókienniczego i gorzelnianego oraz wzrost zamożności chłopów, którzy byli w stanie kupować ziemię od zadłużonych i bankrutujących obszarników. Do 1900 roku w Estonii kupiono 11 tysięcy działek, a w Liwonii 23 tysiące. Inną warstwą był proletariat rolny, który emigrował głównie do Rosji, gdzie w 1914 roku mieszkało 200 tysięcy Estończyków.
Już od 1730 roku Kościół wymagał, by przystępujący do komunii umieli czytać, ale stan szkolnictwa wiejskiego był bardzo niski. Nauczycielami byli najczęściej zakrystianie. Dopiero w 1816 roku Landtag Estonii wprowadził obowiązkowe nauczanie i nakazał założenie szkół początkowych we wszystkich miejscowościach liczących ponad tysiąc mieszkańców. Posługiwano się w nich językiem estońskim. Zakres nauczania nie wykraczał jednak poza religię i umiejętność czytania i pisania. Dla jego potrzeb wydano katechizm po estońsku i liwsku (1845-1848), a estoński jako przedmiot zaczęto wykładać w seminarium pskowskim. Prawa i rozporządzenia władz ogłaszano również w językach miejscowych.
W latach sześćdziesiątych XIX wieku wprowadzono szkoły gminne i wyższe parafialne oraz miejskie, okręgowe i gimnazja, rozpoczęto też kształcenie zawodowych nauczycieli, w praktyce odbierając nauczanie Kościołowi. Władze państwowe zakładały również szkoły z językiem rosyjskim (1870-1880). Oprócz nich i zakładu dla dziewcząt z językiem estońskim w Parnawie (1880) we wszystkich szkołach wykładano w języku niemieckim, dopuszczając estoński jako pomocniczy jedynie w pierwszych klasach.
Od 1838 roku działało w Tartu Estońskie Towarzystwo Naukowe, którego celem było studiowanie historii, języka i literatury estońskiej. Wydało ono pod redakcją poety Fr. R. Kreutzwalda narodowy poemat estoński Kalevipoeg (1857-1861), stanowiący rodzimy odpowiednik fińskiej Kalevali. Od 1848 roku publikowano rocznie przeciętnie po 32 książki i broszury po estońsku, od 1856 roku – 48, a od 1883 roku ich liczba wzrosła do 78 pozycji.
Waldemar Jannsen (1819-1890) założył tygodnik Pärnu Postimees (1857), później przeniesiony do Tartu (1864) jako Eesti Postimees (Estoński Herold). Jannsen pierwszy użył wyrażenia „naród estoński”, zamiast dotychczasowego określenia „lud wiejski”. Tak narodził się estoński ruch narodowy, który jednak jeszcze przez następne pokolenie ograniczał się wyłącznie do pracy organicznej i walki z dominacją kultury i szlachty niemieckiej. W tej sytuacji władze rosyjskie były postrzegane przez Estończyków jako potencjalny sojusznik i do rewolucji 1905 roku w ruchu narodowym niepodzielnie panował lojalizm.
Jaan Adamson, nauczyciel z Viljandimaa, zaproponował (1860), by założyć szkołę z estońskim językiem wykładowym dla upamiętnienia cara Aleksandra I. Ze względu na sprzeciw niemieckiej szlachty, dopiero po 9 latach car zezwolił na rozpoczęcie publicznej zbiórki pieniędzy. Zakończono ją w 1884 roku, ale zebrane 100 tysięcy rubli zostały zawłaszczone przez państwo i przekazane na szkołę rosyjską. Kwestia ta odegrała jednak ogromną rolę w samym tworzeniu ruchu narodowego, gdyż w całym kraju powstały komitety kwestujące, faktycznie kierujące działalnością narodową. Przewodniczącym głównego komitetu został pastor Jakob Hurt, który jednocześnie kierował założonym w Tartu (1872) Towarzystwem Literatów Estońskich (Eesti Kirjameeste Selts). Wydawało ono estońskie podręczniki szkolne i literaturę popularną. Innymi ośrodkami życia narodowego były towarzystwa chóralne i instytucje gospodarcze, zwłaszcza związki rolnicze i kredytowe.
W pierwszym pokoleniu działaczy narodowych znaczną rolę odgrywali pastorzy (np. Hurt), którzy w zgermanizowanym Kościele zależni byli od niemieckiej hierarchii. Wywołało to reakcję młodszych kapłanów i pastorów narodowców i krytykę estońskich kaznodziei Walka przeciwko niemieckim pastorom uderzała też w pastorów estońskich, a czasem w sam Kościół i religię. Sojuszników natomiast szukano i znajdowano we władzach rosyjskich. Reprezentantami tego nurtu byli M. Veske i Carl Robert Jakobson (1841-1882), który objął przewodnictwo w komitecie kwestującym i usunął z niego Hurta (1881). Jakobson występował przeciwko nauczaniu kościelnemu oraz tematyce religijnej i proponował, by uwolnić szkoły spod kurateli pastorów i obszarników. Jego zdaniem pastorów powinna wybierać sama gmina, co złamałoby wpływ Niemców w Kościele. Następnie domagał się, by w szkołach wykładać po estońsku i wprowadzić nauczanie rosyjskiego, by dopuścić estoński do sądownictwa oraz utworzyć jedną prowincję estońską i ziemstwa (samorząd terytorialny) z reprezentacją chłopską. Później Jakobson założył w Viljandi własne pismo Sakala (1878). Po jego śmierci linię tę kontynuował Veske.
Do roku 1880 niemiecki był językiem urzędowym w prowincjach bałtyckich. Wstępując na tron (1881) Aleksander III nie potwierdził przywilejów szlachty bałtyckiej, co było zapowiedzią zerwania z nią sojuszu i rozpoczęcia rusyfikacji. Polityka ta wynikała m.in. ze stałego pogarszania się stosunków rosyjsko-niemieckich na arenie międzynarodowej. Carat posłużył się więc instrumentalnie ruchem estońskim, by złamać pozycję polityczną niemieckich baronów. Wprawdzie ów okres sprzyjania estońskiemu ruchowi narodowemu trwał krótko i zakończył się przejściem do rusyfikacji, ale pozwolił w decydującym momencie okrzepnąć ruchowi estońskiemu. Rusyfikacja nie była też tak groźna jak germanizacja, gdyż nie była nosicielką atrakcyjniejszej cywilizacji.
W ramach nowej polityki wprowadzono sądownictwo państwowe, sędziów pokoju i sąd apelacyjny w Petersburgu (1889), język rosyjski jako urzędowy, przysłano rosyjskich urzędników, którzy objęli administrację kraju, przeprowadzono rusyfikację szkół prywatnych i państwowych: powszechnych i średnich (1883-1890), które podporządkowano ministerstwu oświaty. Pastorom zezwolono tylko na nauczanie w nich religii, pozostałe przedmioty wykładali natomiast nauczyciele przysłani z Rosji. Estoński dopuszczono w dwu pierwszych klasach do nauki religii i języka ojczystego, niemiecki uniwersytet w Dorparcie rusyfikowano stopniowo począwszy od 1889 roku. Ograniczono przywileje Kościoła luterańskiego. Pastorów karano za powtórne przyjmowanie do tego Kościoła (powróciło doń 35 spośród 100 tysięcy) prawosławnych Estończyków.
Ruch narodowy początkowo poparł carskie reformy, gdyż wymierzone były w niemiecką dominację, ale rusyfikacja doprowadziła do zróżnicowania stanowisk. J. Korv, który w 1882 roku założył w Tallinie silne antyniemieckie pismo Valgus (Światło), poparł ją, twierdząc, iż Estończycy powinni roztopić się w ludach słowiańskich. Część działaczy narodowych opowiedziała się za rusyfikacją, przekonana o braku perspektyw ruchu estońskiego. Jeden z nich, Grenzstein, stworzył nawet teorię o estońskiej „niewystarczalności narodowej”. Również opozycja przeciw pastorom skłaniała się do poparcia polityki władz rosyjskich. W walce z tym kierunkiem pastor Hurt też zwrócił się do Rosji, doradzając ministrowi spraw wewnętrznych zamknięcie antykościelnych komitetów kwestujących (1884).Później władze zlikwidowały Towarzystwo Literatów (1893). Dla ruchu narodowego porozumienie z Rosją stawało się więc niemożliwe.
Wczesny kryzys gospodarczy uderzył w chłopów, którzy stanowili podstawę ruchu odrodzenia narodowego, a rusyfikacja nauczycieli wiejskich i urzędników niższych szczebli spowodowała upadek narodowego ruchu estońskiego i jego instytucji.
W 1896 roku kierowanie dziennikiem Postimees przejął umiarkowany polityk Jaan Tônisson (1868-1942), związany z kręgami kościelnymi. Głosił on lojalność wobec władz rosyjskich, a jednocześnie chciał poprzez działalność gospodarczą osiągnąć równość ekonomiczną, narodową i polityczną z Niemcami. Dla Tônissona bazą ruchu narodowego była nadal wieś, choć w tym czasie w miastach zarysował się już wyraźny konflikt między starą burżuazją niemiecką i młodą estońską.
W Tallinie adwokat Konstantin Päts (1874-1956) zaczął wydawać pismo Teataja (10.11.1901), grupujące estońskich socjalistów, radykałów i demokratów. Uważali, że Estończycy powinni włączyć się do walki demokratów rosyjskich, a nie tylko zajmować się sprawami lokalnymi, co naraziło Pätsa na zarzut rusofilstwa. Estończycy odnieśli zwycięstwo w wyborach do rady miejskiej Tallina (1904); burmistrzem został zbliżony do Ostimees Jaan Poska, a jego zastępcą mianowano Pätsa. Estończycy uzyskali też większość w radzie miejskiej Tallina, a później w Rakwere i Vôru. W 1905 roku P. Speek i J. Ast założyli Estońską Partię Socjaldemokratyczną, której legalnym organem były wydawane w Tartu już od dwu lat Uudised (Wiadomości).
Estonia wzięła czynny udział w rewolucji 1905 roku: w Tallinie wybuchł strajk powszechny (12.01.1905), Tônisson założył Narodową Partię Liberalną, ale na jej Kongresie (27.11.1905) doszło do podziału na dwa skrzydła; narodowo-liberalne (Tônisson) i socjalistyczne (Jaan Teemant). Oba ugrupowania domagały się utworzenia autonomicznej prowincji estońskiej i rozdziału ziem państwowych wśród chłopów. Kręgi narodowe (Postimees) były przeciwne angażowaniu się w „rosyjskie sprawy”, tzn. w rewolucję w imperium, natomiast socjaliści wzywali do czynnego udziału w walkach i niszczenia majątków niemieckich baronów. Pats zajmował stanowisko pośrednie, ale nie uchroniło go to przed wyrokiem śmierci wydanym, podobnie jak w wypadku Teemanta, zaocznie.
Do pierwszych dwu Dum Państwowych Rosji wybrano pięciu Estończyków (1906, 1907) i żadnego Niemca, natomiast po zmianie ordynacji, w III i w IV Dumie (1907, 1912) zasiadało dwu Estończyków. Zmianie uległa sytuacja szkolnictwa, gdyż zezwolono na estoński jako język wykładowy w szkołach gminnych (1905) i prywatnych (1906). W 1910 roku istniało 36 szkół estońskich, do których uczęszczało 2800 uczniów. Zbudowano teatry narodowe w: Tartu (1906), Parnawie (1911) i Tallinie (1913). Rocznie ukazywało się ponad milion egzemplarzy książek estońskich. Tak szeroka działalność kulturalna była możliwa dzięki doskonale prosperującym związkom rolniczym, spółdzielniom chłopskim i działalności politycznej; instytucje gospodarcze stały się ośrodkiem życia narodowego. 'wczesne żądania nie wychodziły poza projekt Pätsa, przewidujący przyznanie równej reprezentacji dla szlachty i chłopów w organach administracyjnych prowincji.
Po zwycięstwie rewolucji lutowej w Rosji (1917) na ziemiach estońskich powstały rady żołnierskie w garnizonach rosyjskich i robotnicze wśród miejscowego proletariatu. Komisarzem Rządu Tymczasowego dla Estonii mianowano Poskę, przedstawiciela Partii Narodowo-Liberalnej. Estończycy opracowali projekt autonomii (18.03.1917), który po potężnej manifestacji w Piotrogrodzie (m.in. z udziałem 15 tysięcy estońskich żołnierzy z tutejszego garnizonu 26.03), został ratyfikowany przez Rząd Tymczasowy (30.03), a w kwietniu zjednoczono ziemie estońskie w jedną prowincję. Nowa Estonia otrzymała sejm krajowy (Riigikogu), wybierany w dwustopniowych wyborach powszechnych: kolegium elektorów wybierało posłów i radców okręgowych do samorządu terytorialnego, natomiast deputowani do sejmu z miast byli wyznaczani przez rady miejskie.
Tymczasem rady delegatów, które zaczęły ulegać bolszewizacji (zwłaszcza w garnizonach rosyjskich), starały się podporządkować sobie komisarza Poskę, popieranego przez elementy narodowe i wieś. 2 lipca zebrał się w Tallinie parlament oraz kongres ludowy, grupujący przedstawicieli organów administracji (rad delegatów, elektorów, rad miejskich), który uznał wybory i Poskę, wobec czego bolszewicy z rad delegatów opuścili salę obrad. 4 lipca rozpoczął się kongres narodowy, w którym udział wzięli uczestnicy poprzedniego kongresu narodowości estońskiej. Domagano się przekształcenia Rosji w federację, utworzenia wojskowych oddziałów estońskich, własnej sekcji na uniwersytecie w Tartu, wprowadzenia estońskiego jako języka urzędowego oraz wykładowego i podziału między chłopów ziemi państwowej i obszarniczej (za odszkodowaniem).
W kwietniu 1917 roku za zezwoleniem władz, zaczęto organizować oddziały narodowe, do których mieli prawo powrócić żołnierze estońscy z całej Rosji. Sejm stworzył też administrację narodową. We wrześniu do posłów sejmowych dołączyli przedstawiciele miast, wśród których znaleźli się bolszewicy. W październiku sejm wybrał biuro z Otto Strandmanem i rząd krajowy z K. Pätsem, ale bolszewicy, kierowani przez Viktora Kingissepa, przejęli władzę w Tallinie (27.10). Wybory do rosyjskiej Konstytuanty przyniosły im 40% głosów, ale do Konstytuanty estońskiej już tylko 30% (styczeń 1918). Bolszewicy rozpętali terror i opanowali administrację, ale sejm estoński istniał nadal.
Gdy bolszewicy z powodów klasowych wyjęli spod prawa szlachtę niemiecką i rozpoczęli masowe represje wobec niej, wojska niemieckie zaczęły wkraczać do Estonii. Po wycofaniu się bolszewików, a przed wkroczeniem Niemców, władzę przejęły na krótko organizacje estońskie. Rada Seniorów Riigikogu (sejm) w porozumieniu z partiami zdecydowały o proklamowaniu niepodległości, łudząc się, że akt ten uratuje Estonię przed okupacją niemiecką. Manifest, gotowy 19 lutego, udało się opublikować w Parnawie 23, a w Tallinie dopiero 24 lutego wieczorem. Na mocy manifestu Rada Seniorów przekazała władzę ustawodawczą i wykonawczą Komitetowi Ocalenia Publicznego na czele z Pätsem, J. Wilmsem i K. Konikiem, który z kolei ogłosił neutralność Estonii i mianował rząd z premierem Pätsem. Do 5 marca cała Estonia została jednak zajęta przez Niemcy, władze i oddziały estońskie rozwiązano, rządowi zakazano działalności, wprowadzono jako język urzędowy niemiecki, zgermanizowano szkolnictwo, a kierowanie krajem powierzono miejscowym Niemcom. Projektowali oni utworzenie Księstwa Estonii, Liwonii i Kurlandii, pozostającego w unii personalnej z królem Prus. Päts i Wilms zostali aresztowani, zaś Konik rozstrzelany.
Najpierw Tônisson (styczeń 1918), potem zaś inni przedstawiciele rządu i sejmu estońskiego, przybyli do Sztokholmu, by porozumieć się z zachodnimi aliantami, którzy uznali de facto władzę Riigikogu.
Po rewolucji w Niemczech (9.11.1918) rząd estoński doszedł do porozumienia z przedstawicielem nowego rządu niemieckiego, Augustem Winnigiem i niemieckimi radami żołnierskimi w sprawie powrotu do kraju oraz przejęcia administracji Estonii. W tym czasie bolszewicy zdobyli Narwę (22.11.1918), gdzie ogłosili powstanie Estonii Sowieckiej (27.11).
Rząd ogłosił mobilizację, na pomoc przypłynęła flota angielska, a z Finlandii, Szwecji i Danii przybyli ochotnicy, ponadto zaczęła się tworzyć rosyjska Armia Północna. W grudniu bolszewicy zajęli Tartu, a w styczniu 1919 roku większość kraju (do linii: Talli-Viljandi-Pärnu). Kontrofensywa estońska rozpoczęta 7 stycznia doprowadziła do wyzwolenia Narwy (18.01.1919) i Petseri (4.02). Armia estońska oswobodziła następnie Łotwę aż do Rygi, pokonując oddziały von der Goltza (26.05.-5.06.1919), a w październiku Awałowa, po czym wzięła udział w ataku „Białych” na Piotrogród. Po zwycięskiej obronie Narwy przed kontrofensywą bolszewicką podpisano rozejm (31.12.1919) i wreszcie pokój w Tartu (2.02.1920), na mocy którego Rosja Sowiecka uznała niepodległość Estonii i zrzekła się wszelkich praw do jej terytorium.
W nowym państwie, oprócz Estończyków, znalazło się 8,2% Rosjan, 1,7% Niemców, 0,7% Szwedów i 0,4% Żydów. Rosjanie mieszkali w okręgu Petseri, na lewym brzegu Narwy i w Tallinie. Spośród 16 tysięcy Niemców, 6,5 tysiąca (40%) było mieszkańcami Tallina. Mniejszości narodowe (od 3 tysięcy) otrzymały prawo do własnych szkół utrzymywanych na koszt państwa. Uchwalono demokratyczną konstytucję, która dawała jednak zbytnią przewagę parlamentowi, co przyczyniło się do niestabilności rządów. Sytuację pogarszał nacisk elementów ekstremalnych: komunistów, którzy z pomocą rad próbowali dokonać zamachu stanu (1924) i faszystów, rekrutujących się z prawicowej Ligi BojownikOw o Wolność – VAPS (weterani). Propozycje Ligi dokonania zmian w konstytucji uzyskały w referendum 56,3% głosów (październik 1933). W marcu 1934 roku prezydent Päts skorzystał z wprowadzonych właśnie uprawnień, by ogłosić stan wyjątkowy i rozwiązać Ligę. Kazał też aresztować jej przywódców i rządził za pomocą dekretów. Nowe Zgromadzenie (1936) przyjęło nową konstytucję (1937), która wprowadziła dwuizbowy parlament; tylko izba niższa pochodziła z wyboru. Opozycja zdobyła 17 spośród 80 mandatów, a w jej ławach zasiedli Tônisson i Teemant, pozostałe miejsca przypadły rządowej Lidze Patriotycznej, założonej przez Pätsa w 1935 roku. Został on następnie wybrany prezydentem na 6-letnią kadencję.
Uchwalona w 1919 roku reforma rolna złamała potęgę niemieckich baronów; państwo przejęło 97% ziemi obszarniczej za odszkodowaniem i rozdzieliło między chłopów, dzięki czemu liczba gospodarstw rolnych wzrosła z 52 tysięcy (1919) do 140 tysięcy (1939), przy ich przeciętnej powierzchni 56 akrów. Estonia rozwinęła gospodarkę eksportową opartą na rolnictwie i produkującą na rynki zbytu w Niemczech i Anglii. Podstawą ekonomii państwa stała się zamożna wieś.
Estonia zawarła sojusz obronny z Łotwą (1923) i Litwą (1934), tworząc Bałtycką Ententę, ale umowy te pozostały na papierze, gdyż Estonia obawiała się głównie Sowietów, zwłaszcza po 1924 roku, natomiast Litwa i Łotwa – Niemiec, sama zaś Litwa – Polski, z którą pozostali partnerzy mieli dobre stosunki.
Zgodnie z paktem Ribbentrop-Mołotow Estonia przypadła Związkowi Sowieckiemu (23.08.1939). Pod groźbą wkroczenia Armii.
Czerwonej Estonia przyjęła ultimatum sowieckie i zawarła układ o wzajemnej pomocy, uprawniający ZSRS do stacjonowania 25 tysięcznego garnizonu wojskowego oraz oddała mu bazy morskie i lotnicze (28.09.1939). Po drugim ultimatum, również przyjętym (16.06.1940), w którym Stalin żądał zmiany rządu i przyjęcia dodatkowych oddziałów, Armia Czerwona okupowała Estonię (17.06) i faktyczną władzę przejął przysłany z Moskwy Andriej Żdanow. Pod naciskiem zorganizowanego przez Sowietów ” spontanicznego powstania” (21.06), Päts mianował premierem lewicowego pisarza Johannesa Varesa, choć do rządu nie weszli jawni komuniści. NKWD wywiozło prezydenta w głąb Rosji (zmarł w więzieniu w 1956 roku, jego szczątki powróciły do kraju dopiero 21.10.1990), a jego funkcje przejął także Vares. Po wyborach na modłę sowiecką (14-15. 07.1940), ogłoszono powstanie Estonii Sowieckiej (21.07) i poproszono o przyjęcie jej w skład ZSRS, na co Rada Najwyższa wyraziła zgodę (3.08). Rozpoczął się terror wobec elity narodu, NKWD przeprowadziło pierwszą wywózkę, która objęła 10 tysięcy osób (14.06.1941). W sumie w wyniku wywózek, ewakuacji i represji (oficjalnie 2 tysiące rozstrzelano, do łagrów wywieziono 30 tysięcy, w tym 5,5 tysiąca żołnierzy) zginęło około 60 tysięcy Estończyków.
Gdy Niemcy przekroczyli granice Estonii (7.07.1941), wybuchło powstanie, w którym udział wzięło 50 tysięcy partyzantów. Tartu, wyzwolone 10 lipca, zostało zajęte przez Niemców dopiero 28 lipca. Przed nadejściem nowego okupanta uformowała się Estońska Rada Narodowa na czele z Jüri Uluotsem, ostatnim premierem okresu niepodległości. Pod naciskiem niemieckim oddziały estońskie i Rada zostały jednak rozwiązane.
Karl Litzmann mianowany komisarzem Estonii (grudzień 1941), utworzył wbrew instrukcjom Hitlera w praktyce autonomiczny rząd estońskiego faszysty Hjalmara Mäe (15.09.1941 – wrzesień 1944). Na przełomie 1942 i 1943 roku Niemcy utworzyli Legion Estoński, który w szczytowym okresie liczył 11 tysięcy żołnierzy i walczył na froncie wschodnim. W 1944 roku Niemcy usiłowali zmobilizować Estończyków, ale dopiero na apel Uluotsa (luty 1944) do walki po stronie niemieckiej przeciw Sowietom zgłosiło się 38 tysięcy ochotników, spośród których uzbrojono jedynie 28 tysięcy. Mieli oni być użyci na linii Narwy. Ogółem w oddziałach Hilfswillige służyło 70 tysięcy Estończyków. Politycy estońscy łudzili się, że powtórzy się sytuacja z 1919 roku; Armia Sowiecka zostanie zatrzymana, a jej główne siły, idąc na zachód, ominą kraj, w tym czasie zaś alianci będą interweniowali na rzecz Estonii. Dlatego utworzono w konspiracji Republikański Komitet Narodowy (marzec 1944), który następnie powołał rząd tymczasowy z premierem Otto Tiefem, dawnym ministrem sprawiedliwości oraz mianował Uluotsa prezydentem (18.09.1944). Gdy Wehrmacht zapowiedział ewakuację, Tief wydał deklarację przywracającą suwerenność Estonii (20.09), a oddziały estońskie zajęły pozycje wokół Tallina, zostały jednak zaraz rozbite i Sowieci zajęli stolicę (22.09). Członkowie rządu, oprócz prezydenta, któremu powiodła się ucieczka, zostali aresztowani i zamordowani. Od początku wojny zdążyło uciec 60 tysięcy Estończyków, w tym połowa do Szwecji i Finlandii. Spośród tych ostatnich trzy tysiące ochotników walczyło przeciw Sowietom w armii fińskiej.
Deportacja związana z kolektywizacją (1949) objęła około 60 tysięcy osób; w sumie w latach 1944/1945 zamordowano i deportowano 30 tysięcy, dalsze 80 tysięcy Estończyków wywieziono w okresie 1946 – 1953. 15 tysięcy Estończyków padło walcząc po stronie Niemców, natomiast z ich ręki zginęło 10 tysięcy, w tym 2 tysiące estońskich Żydów. Opór przeciw sowietyzacji wystąpił w formie ruchu partyzanckiego, w którym wzięło udział około 30 tysięcy żołnierzy; jednorazowo walczyło do 10 tysięcy partyzantów, zwłaszcza w okręgach Järvamaa i Tartumaa. Eesti Vabariigi Rahvuskomitee (Komitet Narodowy Republiki Estońskiej) ze względu na swe oddalenie w Szwecji i jako instytucja polityczna nie mógł kierować walką zbrojną. Na terenie Pärnumaa i Viljandimaa powstało centrum ruchu partyzanckiego – Eesti Vabastamise Komitee (Komitet Wyzwolenia Estonii). Motorem jego utworzenia był major L. Henriksoo, zaś najaktywniejszą częścią Komitetu była grupa dowodzona przez Antsa Metsa w Viljandimaa. W 1945 roku obie zostały wykryte i zniszczone przez NKWD.
W tym czasie w Läänemaa powstało nowe centrum ruchu oporu kierowane przez Endela Redlicha. Przyjęło ono nazwę Relvastatud Voitluse Liit (Związek Walki Zbrojnej) i działało na terenie Läänemaa, Harjumaa, Pärnumaa i Virumaa. Redlich ukrył się jeszcze w czasie okupacji niemieckiej i stworzył sieć punktów leśnych, które teraz wykorzystał do zbudowania organizacji. Kontrolowała ona 38 gmin, a jej wpływy sięgały do Tallina, gdzie placówką RVL kierował Vello Malmre. Werbował on ludzi również w Vőrumaa i Hiiumaa.
Sztab RVL tworzyli oprócz Redlicha, Endel Karell, Jaan IIlaste, Mihkel Saasalu, Viktor Rumjantsev. Organizacja działała bez większych wpadek do początku 1948 roku, kiedy przypadkowo NKWD wpadło na jej trop i aresztowało około 150-200 jej członków. Kierownictwo RVL jednak wówczas ocalało i dopiero 27 lutego 1949 roku wpadło 9 członków sztabu oraz Rumjantsev. Redlich nie został wówczas zabity, gdyż przebywał poza bunkrem sztabu centralnego, i został zatrzymany dopiero w czerwcu 1949 roku.
Z RVL kontakt utrzymywał wysłannik Komitetu Narodowego Republiki Estońskiej, Richard Saaliste. Teraz on przejął kierownictwo RVL. Saaliste ukrywał się wraz z żoną, bratem i jego żoną oraz jej siostrą w bunkrze leśnym położonym 7 km od miasta Vandra. 14 grudnia 1949 roku bunkier został otoczony, a jego mieszkańcy zginęli w walce. Po śmierci Saaliste na czele organizacji stanął jego współpracownik Erich Jarlet. W małej grupie R VŁ walczył do jesieni 1951 roku. Jarlet został zastrzelony w 1953 roku i w tym czasie zginęli również ostatni związani z nim ludzie. Był to koniec epopei partyzanckiej RVL.
W 1946 roku partyzanci byli jeszcze zdolni do paraliżowania administracji lokalnej (np. zajęcie miasta Kilingi-Nomme w Pärnumaa). Osłabienie walki nastąpiło dopiero w 1950 roku. W 1954 roku rozbity został największy oddział partyzancki, grupa „Orion”, dowodzony przez Jaana Rootsiego. W 1956 roku część żyjących jeszcze partyzantów zdecydowała się kontynuować opór do końca, zaś inni szukali możliwości ucieczki za żelazną kurtynę. Ostatni partyzant, August Sabe, zginął w 1978 roku. Sabe ukrył się w lesie przed mobilizacją sowiecką w 1941 roku i wziął udział w ówczesnym ruchu powstańczym pomagając utworzyć „Republikę Vastseliina”. Gdy w 1944 roku doszło do mobilizacji do armii niemieckiej, Sabe znów poszedł do lasu, by walczyć w partyzantce antysowieckiej. Po amnestii w 1945 roku wprawdzie powrócił do życia cywilnego, ale nachodzony przez funkcjonariuszy NKWD, którzy chcieli zmusić go do współpracy, po raz trzeci przyłączył się do leśnych braci. Walczył w dowodzonej przez Rootsiego grupie „Orion”. Gdy w 1954 roku wpadła ona w pułapkę i została zniszczona, Sabe pozostał sam i już nie przyłączył się do żadnej grupy. Po pewnym czasie zginęli także jego pomocnicy i do śmierci Sabe żył w lesie sam.
Wojna partyzancka pochłonęła 15 tysięcy ofiar. Straty ludnościowe spowodowały spadek liczby Estończyków w Estonii z około l miliona (1939) do około 0,8 miliona (1945). Według szacunków opublikowanych po odzyskaniu niepodległości, w latach 1941-1949 KGB aresztowało około 85 tysięcy osób, z tego 38%, czyli 30400 zostało zamordowanych lub zmarło. Dane te jednak nie obejmują strat wojennych. Po stłumieniu ruchu partyzanckiego, w latach 1955-1958, istniało w Estonii dziewięć młodzieżowych organizacji oporu, utworzonych przez uczniów starszych klas szkół średnich przeważnie z Tartu i Tallina.
Grupy te można nazwać epigonalnymi w stosunku do partyzantki, gdyż nadal głosiły ideę walki zbrojnej, choć w praktyce ich działalność polegała na rozrzucaniu ulotek o treści patriotycznej.
Wśród młodzieżowych organizacji wyróżniały się Kotkad (Orły), Podziemny Komitet Partyzancki Młodzieży Estońskiej (Eesti Vabariigi Noorte Partisanide Porandaalune Komitee), Malev Młodzieży Estońskiej i Estoński Związek Bojowników o Wolność (Eesti Vabadusvojtlejate Liit). Kotkad założyli w 1953 roku uczniowie czwartej klasy XXII Tallińskiej Szkoły Średniej. W 1955 roku organizacja liczyła około 20 członków. Jeden z nich, Erik Udam, wówczas już student Politechniki, został aresztowany (17.10.1955). W czasie rewizji znaleziono u niego jedynie materiały antysowieckie i choć Udarna skazano na 6 lat pozbawienia wolności, w kwietniu 1956 roku komisja kontroli zwolniła go z więzienia. Kotkad pozostał nie wykryty i działał nadal. Zdecydowano też, iż Udam pozostanie wśród czynnych członków organizacji. Dzięki ekspertyzie grafologicznej ulotek Kodkad KGB udało się zatrzymać innych członków organizacji.
22 marca aresztowano w Viljandi Ants Porka i Endela Audla, uczniów miejskiej szkoły średniej dla młodzieży pracującej, u których znaleziono teksty Podziemnego Komitetu Partyzanckiego Młodzieży Republiki Estońskiej. Śledztwem objęto 29 osób. Porka i Audla skazano odpowiednio na 8 i 5 lat łagru (3.07.1955). W III Szkole Średniej w Tartu założono w marcu 1956 roku Malev Młodzieży Estońskiej. Malev oznaczał naj mniejszą jednostkę Kaitseliitu. Organizacją kierowali Jaan Isotamm (marzec-wrzesień 1956) i Enn Tarto (wrzesień-grudzień 1956), gdyż statut przewidywał wymianę przewodniczącego co pół roku. Malev rozpowszechnił w nocy na 4 listopada 1956 ulotki we wszystkich szkołach średnich Tartu. Dzięki analizie grafologicznej KGB zatrzymało członka organizacji, Heino Taniloo (23.12.1956), który złożył zeznania obciążające kolegów. Aresztowano wówczas osiem osób, w tym Isotamma (25-26.12).
Program Malevu, którego autorem był Enn Tarto, przewidywał obalenie dyktatury komunistycznej na drodze rewolucji ogólnonarodowej i uwolnienie się od komunizmu i rosyjskiego jarzma.
Isotamma skazano na 7 lat łagru, Tarto na 5, Valdemara Kohva na 6 lat, a pozostałych 5 członków organizacji na kary od dwu do czterech lat. Działalnością Estońskiego Związku Bojowników o Wolność, założonego na początku 1957 roku, kierował zespół w składzie: Tonis Mets, Jüri Parl, Tiit Toobal i Ulo Niinemets. W maju 1959 roku organizacja liczyła 26 członków i dysponowała 10 sztukami broni palnej. EVL stawiał sobie za cel obalenie władzy komunistycznej, zwolnienie więźniów politycznych i rozwiązanie kołchozów. Miało służyć temu rozpowszechnianie w całym kraju idei rewolucyjnych i tworzenie grup rewolucyjnych jako wstęp do zbrojnego powstania. EVL działała do początków 1959 roku. Metsa aresztowano 12 maja 1959 roku, a do 9 lipca zatrzymano jeszcze 7 członków organizacji. We wrześniu Valdura Teariego skazano na 8 lat łagru, Metsa na 6 lat, Parla i Endela Ratasa na 4 lata, Toobala i Arvo Aljasa na 3 lata i Niinemetsa na 2 lata. Ostatnia organizacja, już o nowym programie, została założona w łagrze 7-1 w Mordweie. Ostatecznie przyjęła ona nazwę Estońskiego Związku Nacjonalistów (Eesti Rahvuslaste Liit, ERL). W obozie znalazło się jedenastu członków organizacji z lat 1955-1958 oraz osoby stawiające opór indywidualnie, jak Mart Niklus. Do grupy założycielskiej należeli: Taivo Uibo, Tarto i E.K. Läänearu (6.01.1959). Przewodniczącym ERL został Uibo, a jego zastępcami Tarto, Erik Udam i Valdo Reinart. ERL wykryto i zlikwidowano w 1962 roku; Uibo skazano na 6 lat łagru, Tarto i Udarna na 5,5 roku, J. Kiika na 4,5 roku oraz Reinarta i P. Silla na 3 lata. ERL nie wysuwał już hasła walki zbrojnej, ale biernego oporu i obrony praw człowieka, stanowiąc w ten sposób ogniwo pośrednie między organizacjami lat pięćdziesiątych i następnych dekad.
W programie stwierdzono, iż „ERL musi walczyć aktywnie, żeby lud estoński stawiał bierny opór”. Zapowiadano walkę o wolność i prawa człowieka, propagowanie w druku wolnej myśli i ustnie idei narodowej.
W Komunistycznej Partii Estonii Rosjanie stanowili 52%, zaś Jestończycy, tj.Estończycy urodzeni bądź przebywający w Sowietach od 1918 roku – 25% (1946). Natywizacja partii komunistycznej przebiegała długo i dopiero w 1964 roku Estończycy osiągnęli w niej większość (51%). W okresie 1949-1952 przeprowadzono czystkę wśród komunistów lokalnych; w jej rezultacie we władzach kraju i partii do roku 1964 zasiadali wyłącznie Jestończycy i Rosjanie.
